इसके बाद वह नालंदा चले गए।

वहां से वह 1998 से 2004 तक रक्षा मंत्री के रूप में रहे।

इसके बाद 2004 के लोकसभा चुनाव में वह मुजफ्फरपुर लौटे।

यहां से जीत मिली, मगर केंद्र में एनडीए की वापसी नहीं हुई।

इसके अगले लोकसभा चुनाव में एनडीए सत्ता से बाहर रही। इस कारण जदयू से सांसद निर्वाचित होने के बाद भी कैप्टन जय नारायण निषाद मंत्री पद नहीं पा सके।

कैप्टन निषाद वाजपेयी मंत्रिमंडल में वर्ष 1996-98 में वन एवं पर्यावरण राज्य मंत्री रहे थे।

इसके बाद से इस सीट से कोई मंत्री नहीं बन सका था। भाग्यशाली रहे राज भूषण चौधरी Bihar Politics : वर्ष 2014 से लगातार दो चुनावों में एनडीए सत्ता में आई।